Le 19 octobre 1330, Burghersh est capturé au château de Nottingham par la garde du roi lorsque ce dernier renverse le régime d’Isabelle et de Mortimer. L’évêque de Lincoln est emprisonné à la Tour de Londres et déchu de son poste de chancelier le 28 novembre en faveur de Jean de Stratford, un de ses ennemis personnels. Il ne partage pas cependant le sort de Mortimer, exécuté sur ordre du roi, ou d’Isabelle, qui est bannie de la cour.

Burghersh est rapidement libéré et regagne de l’influence dans les affaires de l’Angleterre. Il est à nouveau trésorier de 1334 à 1337 et est missionné à plusieurs reprises par Édouard III au cours d’ambassades. Ainsi, en janvier 1336, Burghersh est chargé de négocier une trêve avec l’Écosse. Les tensions ne cessant de croître entre Édouard III et Philippe VI de France, l’évêque de Lincoln est chargé à l’été 1337 avec Wauthier de Masny d’assurer l’exportation de la laine anglaise vers la Flandre, que Philippe a faite interdire l’année précédente. À la suite de la confiscation de l’Aquitaine anglaise par Philippe, Édouard III revendique la couronne de France

Le roi envoie Henry Burghersh le 1^er novembre 1337 à Paris pour que ce dernier présente des lettres de défi à son rival. Burghersh est chargé de plusieurs missions par Édouard au cours des premières années de la guerre de Cent Ans. Au début de l’année 1340, l’évêque est prié par le roi d’Angleterre de lui envoyer des vaisseaux ainsi que des équipements supplémentaires. Grâce à l’aide de Burghersh, Édouard III écrase le 24 juin suivant la flotte française lors de la bataille de L’Écluse. L’évêque de Lincoln rejoint alors son souverain sur le continent, où la poursuite de la guerre va désormais avoir lieu.

Il meurt prématurément à Gand dès le 4 décembre 1340. Son corps est rapatrié en Angleterre pour être enterré à Lincoln.